冷鏈物流行業(yè)有著非常廣闊的市場前景，但是在實際中還存在很多問題制約著它的發(fā)展。
首先是核心技術相對落后，硬件設施發(fā)展滯后。與發(fā)達國家相比，我國的冷鏈硬件設施依然缺乏，設備分布不均，主要集中在沿海地帶和發(fā)達城市；中西部設備卻嚴重不足，發(fā)展相對滯后。在設備的種類和功能上發(fā)展也不平衡，大型的設備建設比較多，而中小型的冷庫卻少了很多。除此以外，我國的冷庫設備相對老舊，大部分的儲存設備功能不全，無法精準控制溫度，在對接的過程中，因為設備質量良莠不齊，難以滿足要求。
其次，冷鏈物流的成本相對較高，一般高于普通物流50%左右。近幾年來，能源的價格不斷升高，導致冷鏈物流的成本也不斷上漲。冷鏈物流的設備水平不足，也使物流費用大幅增加。
同時，管理不當使得供應鏈服務存在脫節(jié)。冷鏈物流的最大的優(yōu)勢就是能夠實現(xiàn)加工、儲藏、運輸和銷售全程低溫保存，但在實際當中，作業(yè)人員由于操作不規(guī)范、在管理上的不當，導致供應鏈脫節(jié)。
第一，對全程低溫的觀念認識不足，比如對一些農(nóng)產(chǎn)品沒有進行田間預冷，即便在運輸中使用冷藏車，產(chǎn)品外表看似沒有問題，內部已經(jīng)開始劣變，致使其貨架期縮短。
第二，一些企業(yè)為了節(jié)約冷鏈物流的成本，間斷性地關閉制冷設備，造成冷鏈中斷，可能對藥品的成分造成了破壞，威肋、人類健康。
第三，冷鏈配套設施不健全，在中轉的過程中，未能實現(xiàn)全程冷鏈。比如，冷藏車無法開到冷庫中，在冷藏車停放地點到冷庫這段距離，就造成了冷鏈中斷；同樣的問題還出現(xiàn)在生產(chǎn)地和冷藏運輸車、銷售點與冷藏運輸車的對接上。第四，生產(chǎn)地缺少預冷設施導致全程冷鏈物流無法實現(xiàn)。很多冷凍的產(chǎn)品在卸貨時，都是在常溫狀態(tài)下，再到經(jīng)銷商的冷藏設備中這段時間，冷鏈斷鏈，對質量造成了影響，使保質期變短。